2024年3月，实验室副主任尹佟明教授作为通讯作者在Horticulture Research发表了题为“PMAT: an efficient plant mitogenome assembly toolkit using low coverage HiFi sequencing data”的研究论文。论文报道了一款高效的植物线粒体图形化基因组组装工具包（PMAT）。PMAT基于植物细胞内线粒体与细胞核、叶绿体DNA的拷贝数差异，实现了利用超低深度的全基因组HiFi测序数据从头组装植物线粒体图形化基因组。此外，PMAT还可用来从头组装植物叶绿体图形化基因组，并兼容了CLR和ONT测序数据。PMAT主要步骤包括数据纠错（CLR和ONT）、数据预处理、从头组装、线粒体候选contigs选择、构建初始装配图和简化装配图。该软件可显著降低植物线粒体基因组组装成本，提高复杂线粒体组装完整性和准确性，并加速对植物线粒体基因组进化变异的理解以及在雄性不育新品种培育上的应用。

Figure 1. Automatic workflows of the plant mitogenome assembly toolkit.